Os trabalhos, executados com o apoio do Fundo Rainha D. Leonor, incluíram a recuperação da Sacristia, da sala do Definitório, da sala do Arquivo e da sala de Exposições. A intervenção contemplou, ainda, a pintura das duas fachadas (Igreja e antigo Hospital) e a drenagem em torno do conjunto edificado.

A Irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Cabeção foi fundada nos últimos anos do século XVI e a Igreja foi erguida à sua sagração em 1600, com licença do arcebispo de Évora, D. Teotónio de Bragança.

A Igreja foi construída à custa dos confrades e de esmolas do povo de Cabeção. Além da raríssima representação iconográfica da história de José do Egipto, em ‘banda desenhada’, tem representados o Bom Pastor, a Árvore de Jessé e da Família Franciscana. Destacam-se ainda pinturas murais que invocam as obras de Misericórdia corporais.

A Misericórdia de Cabeção é, juntamente com a Junta de Freguesia, a única instituição secular desta localidade alentejana. A sua Igreja está situada na praça principal, com pelourinho, onde ficava a antiga Câmara Municipal – hoje sede da referida Junta. No século XX, a Igreja da Misericórdia serviu como Igreja paroquial durante as obras da Matriz.

Pelas suas caraterísticas, a igreja da Misericórdia enquadra-se perfeitamente ao estilo barroco, com influências diretas da Igreja da Santa Casa da Misericórdia de Évora, datada de 1554.