Foi edificada em finais do século XVI por D. João Coutinho e sua esposa Dª. Francisca de Meneses, com a intenção de louvar os desaparecidos na Batalha de Alcácer Quibir, em especial o monarca D. Sebastião.

Nos finais dos anos 800 serviu de teatro, celeiro e escola primária. Apenas em 1950 foi reaberta ao culto religioso, depois de ter sido alvo de algumas reestruturações interiores e exteriores. Atualmente o seu oráculo é São Francisco.

Ermida de São Sebastião - Igreja de São Francisco localiza-se em plena zona histórica da vila e perto da Casa Museu Manuel Ribeiro de Pavia e da Anta – Capela de São Dinis. 

Com arquitetura religiosa, barroca e vernácula, esta Igreja faz parte do passado quinhentista da vila. Desta época, este espaço apresenta soluções planimétricas e de cobertura constantes na arquitetura do aro eborense de finais do século XVI e início do século XVII, com as quais se conjuga uma volumetria e pormenores decorativos já caracteristicamente barrocos. Pode visitar-se mediante marcação prévia na Junta de Freguesia de Pavia.